济宁市工程咨询院有限公司是隶属于济宁市国有资产投资控股有限公司的全资国有企业。济宁市工程咨询院有限公司的前身济宁市工程咨询院是2000年2月济宁市编委（2000）3号文件批准成立的副县级事业单位，隶属济宁市发改委领导。2010年1月按照《市委办公室、市政府办公室转发市编办等五部门（关于市属经营开发服务类事业单位改企转制的实施意见）的通知》精神，济宁市工程咨询院进行了改企转制，成立了济宁市工程咨询院有限公司，2019年7月，划转为济宁国投的权属公司。

济宁市工程咨询院有限公司是山东省工程咨询协会的常务理事单位，工程咨询资信等级为乙级，设立专家咨询委员会和战略决策委员会，业务涵盖建筑、轻工、市政公用工程（市政交通、给排水）、机械等多个专业。